Die natürlich befestigte Anhöhe von 327 m, östlich der heutigen  Chora, wählten die antiken Einwohner um den Stadtstaat Anafi zu gründen. Unter den wenigen archäologischen Funden war eine Grabinschrift der Familie des Aigeus. Es scheint dass die Ahnen dieser Familie von Sparta im 7. Jh. v. Chr. nach Anafi zogen; eine Zeit in der auch die Dorer die benachbarte Insel Thira (Santorin) besetzten.   

  Auf der Landenge, die die Halbinsel Kalamos mit dem restlichen Teil von Anafi verbindet und genauer innerhalb der Mauer die das Kloster Zoodochos Pigi  (oder Kato Panagia) umgeben, sind die Ruinen eines antiken Tempels zu Ehren des Apollon Aeglitis oder Apollon Anafaios noch in einem sehr guten Zustand erhalten. Im gleichen Gebiet, das als Heiligenstätte seit dem 7. Jh. v. Chr. diente, wurden Weihgeschenke zu Ehren des Zeus Ktisios, der Artemis, der Aphrodite und des Asklepios ans Tageslicht gebracht.