Η Φολέγανδρος ανήκει στο σύμπλεγμα των ΝΔ Κυκλάδων. Βρίσκεται μεταξύ Μήλου και Σικίνου και απέχει από το λιμάνι του Πειραιά 104 ναυτικά μίλια. Εχει μέγιστο υψόμετρο 414 μ., έκταση 32,4 τ. χλμ., επίμηκες σχήμα και μήκος ακτογραμμών 42 χλμ. Το έδαφος του νησιού είναι πετρώδες. Κυριαρχούν οι θάμνοι και η χαμηλή βλάστηση από εποχικά χόρτα και βότανα. Οι ξερολιθιές που διατρέχουν όλο σχεδόν το νησί ορίζουν καλλιεργήσιμους χώρους, οι περισσότεροι από τους οποίους σήμερα είναι ανεκμετάλλευτοι.

Μικρές σοδειές (κυρίως σιτάρι, κριθάρι, λάδι, κρασί, όσπρια, κρεμμύδια, κηπευτικά και σύκα) λειτουργούν συμπληρωματικά στην οικονομία ορισμένων νοικοκυριών. Το κλίμα είναι ξηρό με λίγες βροχές, δροσερά καλοκαίρια και ήπιους χειμώνες. Η ανατολική πλευρά της Φολεγάνδρου έχει ενταχθεί στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο Προστατευόμενων Περιοχών NATURA 2000 ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ) και Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ). Ολόκληρη η Φολέγανδρος έχει ανακηρυχθεί Σημαντική Περιοχή για τα Πουλιά της Ελλάδας.