Agathonisi è l’isola più settentrionale dell’arcipelago del Dodecaneso. È molto vicina a Samos, circondata da altri isolotti (Pita, Stronghili, Neronisi, Katsagani e Kounelonisi). La sua estensione non supera i 13,4 km², e la massima altitudine raggiunge i 209 m. Le sue coste presentano un intenso smembramento, formando numerose calette protette dal vento. Tre sono gli abitati sull’isola. Agios Georgios, dove si trova anche il porto, Megalo Choriò e Mikrò Choriò.